Die Anfänge der Neuapostolischen Gemeinde Tübingen liegen in Reutlingen. Dort wurde 1906 eine Apostolische Gemeinde (ab 1907 Neuapostolische Gemeinde) gegründet, an deren Gottesdiensten auch Tübinger Bürger teilnahmen. Im April 1908 wurde Diakon Jakob Lamparter beauftragt, in Tübingen die Voraussetzungen für die Gründung einer eigenen Kirchengemeinde zu schaffen. Schon bald fanden Gottesdienste in einer Wohnung in der Ulrichstraße statt und schließlich besuchte am 13. November 1908 Apostel J.G. Bischoff die Gläubigen. In diesem Gottesdienst wurde Diakon Jakob Lamparter zum Priester ordiniert und beauftragt, die nunmehr eigenständige Tübinger Kirchengemeinde als Vorsteher zu leiten.
Die folgenden Jahre waren durch stetiges Wachstum und damit verbundene Umzüge geprägt. 1930 plante man den Bau einer eigenen Kirche. Der Architekt Karl Weidle hatte der Kirchengemeinde das Baugrundstück in der Brunsstraße 24 verkauft. Sein Entwurf und dessen Umsetzung sind von der Neuen Sachlichkeit, dem Bauhausstil, geprägt.
Am 22. November 1931 weihte Bezirksapostel Karl Gutbrod das Gotteshaus ein.
Schon kurz nach der Einweihung des Kirchengebäudes in der Brunsstraße entwickelte sich ein breit gefächertes Gemeindeleben. Verschiedene Chöre und ein Orchester wurden gegründet, Sonntagsschule und Religionsunterricht eingerichtet und die Gemeinschaft mit Ausflügen und Festen gepflegt.
Am 1. Januar 1934 wurden die in Pfrondorf wohnenden Gemeindemitglieder zu einer eigenständigen Kirchengemeinde zusammengefasst. Von Tübingen aus konnten in den Folgejahren weitere Kirchengemeinden in Unterjesingen, Rottenburg, Kusterdingen sowie im Steinlachtal und im Gäu gegründet werden.
Die Kriegsjahre brachten auch für die Tübinger Kirchengemeinde zahlreiche Entbehrungen mit sich. So fanden wegen fehlenden Heizmaterials in den Wintermonaten jeweils zwei Gottesdienste unmittelbar nacheinander im kleinen Saal der Kirche statt.
Ihr 50-jähriges Jubiläum beging die Kirchengemeinde am 16. November 1958 mit einem festlichen Gottesdienst, der von Bezirksapostel Georg Schall durchgeführt wurde.
Im Jahre 1981 wurde die Kirchengemeinde Tübingen in die beiden selbständigen Gemeinden Tübingen-Mitte und Tübingen-Süd aufgeteilt, nachdem ein weiteres Kirchengebäude in der Moltkestraße 26 in Tübingen-Derendingen erbaut worden war.
Am 22. Februar 1981 wurde das neue Kirchengebäude in der Moltkestraße 26 durch Bezirksapostel Karl Kühnle eingeweiht. Ein besonderer Höhepunkt für die Gemeinde Tübingen-Süd war der Besuch des Stammapostels Hans Urwyler am 5. Juli 1981. In den folgenden 21 Jahren bestanden in Tübingen zwei Kirchengemeinden.
Aufgrund der allgemeinen demographischen Entwicklung wurde jedoch deutlich, daß eine Zusammenlegung der beiden Kirchengemeinden für ein langfristig funktionierendes Gemeindeleben wesentliche Vorteile bieten würde. Vor diesem Hintergrund wurde das denkmalgeschützte Gebäude in der Brunsstraße als künftiger Standort der zusammengeführten Gemeinde festgelegt. Zuvor war jedoch eine umfassende Sanierung der über 70 Jahre alten Kirche erforderlich. Wesentliche Ziele waren dabei die Wiederherstellung des originalen Baustils, Veränderungen der Raumstruktur für die zeitgemäße Gestaltung des Gemeindelebens und Barrierefreiheit.
Im Rahmen eines Festaktes bezogen die Mitglieder der beiden vorher selbständigen Gemeinden Ende 2004 ihr gemeinsames renoviertes Kirchengebäude.
Als Vorsteher wurde Hirte Rolf-Dieter Kittel beauftragt.
Seit 31. Oktober 2004 finden die Gottesdienste der Neuapostolischen Kirchengemeinde Tübingen in der Brunsstraße statt. Zwischenzeitlich konnte das nicht mehr benötigte Kirchengebäude in der Moltkestraße veräußert werden.
Heute zählt die Neuapostolische Kirchengemeinde Tübingen 480 Mitglieder, darunter 92 Kinder und Jugendliche und 25 ehrenamtlich tätige Amtsträger. Der Gemeindechor besteht aus 80 Sängerinnen und Sängern, das Gemeindeorchester aus 10 Instrumentalisten. Ihre musikalischen Beiträge umrahmen die Gottesdienste. Daneben finden vielfältige Veranstaltungen und Aktivitäten statt: besondere Gottesdienste für Kinder und für Jugendliche, Unterrichte für Kleinkinder, Kinder und Konfirmanden, Seniorentreffen, Freizeiten, Ausflüge und Gemeindefeste. Die Tübinger Amtsträger betreuen auch die neuapostolischen Patienten in den Tübinger Kliniken seelsorgerisch, sofern sie von ihren Heimatgemeinden nicht besucht werden können. Seit 2005 finden mehrmals jährlich im Rahmen der „Stunde der Kirchenmusik“ öffentliche Konzerte statt.